Pour ce qui est de la configuration, en prenant comme base qu'on désire utiliser le serveur eyeos.info (remplacez par votre serveur en suivant le modèle) :
Server URL : http://eyeos.info/index.php?api=1
Username : Votre nom d'utilisateur eyeOS (par exemple "root" comme vous l'avez essayé plus haut)
...et le mot de passe bien évidemment.

Pour ce qui est de la configuration des dossiers à synchroniser :
Local folder : Sélectionnez le dossier de votre poste local dont le contenu sera envoyé vers le serveur eyeOS.
eyeOS folder : Entrez le chemin vers un dossier pré-existant (je ne sais pas si c'est obligatoire, mais pour plus de sécurité...) sous la forme "/votre/chemin/vers/le/dossier" (chemin de type UNIX).
Par exemple, vous créez un dossier "eyeSync" dans la racine de votre espace eyeOS, le chemin à rentrer sera : "/eyeSync" (notez bien le slash initial). Si vous souhaitez utiliser le dossier déja existant "Documents" de votre espace (c'est un autre exemple), le chemin à taper sera "/Documents".

Et normalement cela devrait déjà mieux fonctionner.